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Posiciones disponibles en nuestro lab
Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, biología, bioquímica, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas y de redes. Nuestra investigación se enfoca en estudiar la interfaz entre la estructura, función y evolución de redes biológicas complejas, empleando para ello teoría de sistemas complejos (matemáticas y estadística) e inteligencia artificial (machine learning y data mining). La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo y es una de las fuentes principales de datos para nuestra investigación.
Tenemos disponibles posiciones para estudiantes interesados. Estas posiciones están relacionadas a proyectos financiados sobre la evolucion, estabilidad dinámica y consistencia con datos de expresión de redes regulación para estudiar su organización y evolución. Los estudiantes tendrán acceso a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. Se brindará apoyo si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, UNAM o al Posgrado en Ciencias Bioquímicas, UNAM ambos apoyados por becas Conacyt.
Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.
Defensa exitosa de la tesis doctoral de Juan Escorcia, ¡felicidades!
Juan Escorcia defendió su tesis doctoral titulada "Predicción y análisis estructural de redes de regulación en bacterias a través de la integración ómica para una biología de sistemas comparativa", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedora al grado de Doctor en Ciencias en Ingeniería Química con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Juan!
Defensa exitosa de la tesis de licenciatura de Víctor Barrera, ¡felicidades!
Víctor Barrera defendió su tesis de licenciatura titulada "Curación, reconstrucción y caracterización topológica de la red reguladora génica de Methylorubrum extorquens AM1", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Sistemas Agroalimentarios con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Víctor!
Defensa exitosa de la tesis de licenciatura de Luis Gutiérrez, ¡felicidades!
Luis Gutiérrez defendió su tesis de licenciatura titulada "Caracterización a nivel de sistemas de la evolución de las redes de regulación genética de Escherichia coli, Bacillus subtilis, y Corynebacterium glutamicum", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Licenciado en Ciencias Genómicas con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Luis!
Defensa exitosa de la tesis de licenciatura de Jerónimo Martí, ¡felicidades!
Jerónimo Martí defendió su tesis de licenciatura titulada "Estimación de las fuerzas de interacción de la red de regulación de Escherichia coli K12 MG1655", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Bioprocesos. ¡Muchas Felicidades Jero!
Defensa exitosa de la tesis doctoral de Andrea Zorro, ¡felicidades!
Desde la Universidad de Antioquia, Colombia, Andrea Zorro defendió su tesis doctoral titulada "Desarrollo e implementación de una metodología para la inferencia de una red regulatoria de Streptomyces coelicolor empleando datos genómicos y transcriptómicos", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedora al grado de Doctor en Ciencias en Ingeniería Química con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Andrea!
El trabajo doctoral de Andrea Zorro es publicado por Scientific Reports
Andrea Zorro y colaboradores curaron manualmente 29 años de literatura y bases de datos para ensamblar una red regulatoria genética meta-curada y experimentalmente validada de Streptomyces coelicolor, la cual fue complementada mediante la integración de un gran conjunto de predicciones provenientes de una diversidad de métodos de inferencia de redes regulatorias. Esto brinda la más extensa y actualizada reconstrucción disponible para la circuitería regulatoria de este organismo.
Conferencia en el Instituto Tecnológico de Veracruz
Prof. Freyre impartió la conferencia "Biología de sistemas: de los sistemas computacionales a los sistemas vivos" a estudiantes del Instituto Tecnológico de Veracruz. ¡Gracias a la Comunidad de Ingeniería en Sistemas por la invitación!
Video: https://youtu.be/PSS_t_ccYLk (en español)
Seminario Institucional en el Instituto de Fisiología Celular, UNAM
El Dr. Freyre impartió el seminario "Principios arquitectónicos gobernando las redes de regulación: Lecciones de Abasy Atlas" a colegas y estudiantes del Instituto de Fisiología Celular, UNAM. ¡Gracias a la Dra. Mayra Furlan por la invitación!
Video: https://youtu.be/oU8bTF23Ioc (en español)
¡Juan Escorcia es candidato a Doctor!
Tras presentar y hacer una excelente defensa de los resultados principales de su proyecto de investigación titulado "Inferencia de redes de regulación transcripcional de bacterias con métodos basados en secuencia y su interacción con redes metabólicas, a través de diversos organismos", Juan obtuvo su grado de candidato a Doctor. ¡Muchas Felicidades Juan!
Artículo presentando Abasy Atlas v2.2, ¡publicado!
Computational and Structural Biotechnology Journal publica nuestro artículo presentando la versión 2.2 de Abasy Atlas:
Escorcia-Rodríguez, J.M., Tauch, A., y Freyre-González, J.A.* Abasy Atlas v2.2: The most comprehensive and up-to-date inventory of meta-curated, historical, bacterial regulatory networks, their completeness and system-level characterization. Computational and Structural Biotechnology Journal 18:1228-1237 (2020) doi:10.1016/j.csbj.2020.05.015 arXiv:2005.01914 bioRXiv: 10.1101/2020.05.04.077420
Complejidad, completez, y calidad de redes regulatorias: Lecciones de Abasy Atlas
¿Cual es la verdadera naturaleza estructurall de las redes regulatorias? ¿Son éstas libres de escala o es esto consecuencia de la incompletez? ¿Cual es el tamaño de estas redes? ¿Cuan complejas son? Empleando datos de Abasy Atlas, contestamos todas estas preguntas y otras mediante encontrar y aprovechar propiedades globales de la red que se encuentran constreñidas. Primero, empleamos tecnicas estadisticas de vanguardia para saldar una controversia previa sobre la naturaleza estructural de las redes biológicas mediante demostrar que las redes regulatorias verdaderamente son libres de escala y que esto no es una consequencia de la incompletez. A continuación, encontramos que la complejidad de las redes regulatorias parece estar constreñida por su estabilidad dinámica. Aprovechamos entonces esta restricción para proponer un modelo que permita cuantificar el número total de interacciones en una red regulatoria. Finalmente, brindamos evidencia mostrando que las reconstrucciones de redes regulatorias basadas exclusivamente en tecnologías high-throughput, tales como ChIP-seq, estan sesgadas y mostramos como el coeficiente de clustering puede ser empleado para evaluar la calidad de la reconstrucción.
Campos, A.I. and Freyre-González, J.A.* Evolutionary constraints on the complexity of genetic regulatory networks allow predictions of the total number of genetic interactions. Scientific Reports 9(1):3618 (2019) doi:10.1038/s41598-019-39866-z arXiv:1812.01252v2 bioRxiv:10.1101/486647
¡Nuestro grupo se mudó a un edificio nuevo!
De septiembre 24 al 27, nuestro grupo mudo oficinas, servidores, y equipo al nuevo edificio albergando el Programa de Biología de Sistemas y Biología Sintética en el Centro de Ciencias Genomicas, UNAM.
¡Reconocimiento por 15 años de labor docente en la Licenciatura en Ciencias Genómicas!
El Dr. Freyre fue reconocido por 15 años de destacada labor docente en la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG), UNAM campus Morelos. El Dr. Freyre abrazó la LCG como un proyecto de vida desde su concepción: iniciando por su participación en la planeación de la LCG diseñando planes de estudio, pasando por la impartición de clases, hasta la dirección de tesis muchas de las cuales han derivado en artículos de investigación publicados.
Seminario en la Facultad de Química, UNAM
El Dr. Freyre impartió la conferencia "Hacia una biología de sistemas comparativa a gran escala en bacterias: Abasy Atlas y la predicción masiva de redes regulatorias" a colegas y estudiantes de la Faculta de Química, UNAM. ¡Gracias a la Dr. Herminia Loza-Tavera por la invitación a dar esta charla!
¡Carlos Cruz es candidato a Doctor!
Tras presentar los resultados principales de su proyecto de investigación titulado "Recableado evolutivo y paisaje organizacional de redes de regulación procariotas: Hacia una biología de sistemas comparativa" en un examen oral que duro tres horas y media, Carlos obtuvo su grado de candidato a Doctor. ¡Felicitaciones Carlos!
¡Lanzamiento público de Abasy Atlas v2.0!
La segunda versión de nuestro amplio atlas de redes regulatorias metacuradas, sistemas, propiedades globales de redes, y elementos a nivel de sistemas moldeando redes regulatorias de diversas bacterias es liberado en línea hoy con un importante incremento en su contenido con respecto a la versión 1.0 previa:
Abasy (Across-bacteria systems) Atlas v2.0 contiene sistemas y elementos a nivel de sistemas, así como propiedades globales de 71 (+42%) redes regulatorias reconstruidas y metacuradas (178,942 interacciones regulatorias [+128%]) abarcando 42 bacterias (64% Gram positivas and 36% Gram negativas) distribuidas en 9 especies, conteniendo 7,558 (+104%) regulones y 3,886 sistemas (módulos [+119%]).
Arranque del curso intensivo "Principios de Programación" impartido en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, UNAM
Del 13 al 17 de agosto, el Dr. Freyre impartió la primera de dos partes del durso "Principios de Programación" a los estudiantes de la primera generación del recientemente creado Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas ENES Juriquilla, UNAM. Este esfuerzo condensa en dos semanas el curso semestral equivalente que ha sido impartido exitosamente desde 2003 como parte fundamental de la currícula del programa de licenciatura homólogo con sede en el Centro de Ciencias Genómicas, UNAM campus Morelos.
Defensa exitosa de la tesis de licenciatura de Marco Tello, ¡felicidades!
Marco Tello defendió su tesis de licenciatura titulada "Construcción de la red regulatoria transcripcional del hongo filamentoso Neurospora crassa y análisis con enfoque en genes circadianos", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Licenciado en Ciencias Genómicas con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Marco!
Abasy Atlas está de vuelta en línea
Debido a un fallo catastrófico del disco duro del servidor hospedando Abasy Atlas el domingo 29 a las 6:09 am, nuestra base de datos esta caída. Estamos trabajando arduamente en ponerla en línea a la brevedad. Lamentamos los inconvenientes.
Hemos mudado Abasy a un nuevo servidor y está de vuelta en línea.
Seminario en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, UNAM
El Dr. Freyre compartió los avances de su investigación en un excelente y altamente entusiasta seminario con apreciados colegas y ex-alumnos ahora miembros del Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano en el campus Juriquilla de la UNAM en Querétaro. ¡Muchas gracias al Dr. Rafael Palacios y al Dr. Guillermo Dávila por la invitación! ¡Fue una experiencia muy enriquecedora!
Defensa exitosa de la tesis de licenciatura de Juan Escorcia, ¡felicidades!
Juan Escorcia defendió su tesis de licenciatura titulada "Efecto de la incompletez y el nivel de abstracción de los modelos, sobre la calidad de las redes regulatorias bacterianas y las predicciones de sus componentes a nivel de sistemas", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Biotecnología con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Juan!
Abasy Atlas ha sido indexado por OMICtools
OMICtools es una meta-base de datos bsada en la comunidad y manualmente curada. Sus autores definen OMICtools como "una meta-base de datos manualmente curada que brinda un resumen de mas de 4,400 herramientas accesibles vía la web relacionadas con genómica, transcriptómica, proteómica, y metabolómica". Ahora, Abasy Atlas esta indexado por esta meta-base de datos en https://omictools.com/across-bacteria-systems-atlas-tool. Más infomación se puede encontrar en el sitio web de OMICtools y en su artículo.
Ponencia BIRS-CMO - Towards a large-scale comparative systems biology across bacteria
Ponencia impartida por el Dr. Freyre como parte del BIRS-CMO Workshop 17w5143 - Principles of Gene Circuit Design en Casa Matemática Oaxaca. ¡Gracias al Dr. Pablo Meyer del IBM Thomas J. Watson Research Center por la invitación a esta reunión!
Video: https://youtu.be/1eYsgSgXazs (en inglés)
Artículo sobre la arquitectura funcional y propiedades globales de la red regulatoria de Corynebacterium glutamicum
Journal of Biotechnology publica en la edición especial Dedicated to Prof. Dr. Alfred Pühler on the occasion of his 75th birthday [Dedicada al Prof. Dr. Alfred Pühler en ocasión de su cumpleaños 75] nuestro estudio sobre la arquitectura funcional y propiedades globales de la red regulatoria de Corynebacterium glutamiucum realizado en colaboración con Andreas Tauch de la Universidad de Bielefeld, Alemania:
Freyre-González, J.A.* and Tauch, A. Functional architecture and global properties of the Corynebacterium glutamicum regulatory network: novel insights from a dataset with a high genomic coverage. Journal of Biotechnology 257C:199-210 (2017) doi:10.1016/j.jbiotec.2016.10.025 arXiv:1610.08552
Artículo de Abasy Atlas v1.0, ¡publicado!
Database (Oxford) ha publicado el articulo describiendo el uso y construcción de Abasy Atlas v1.0:
Ibarra-Arellano, M.A., Campos-González, A.I., Treviño-Quintanilla, L.G., Tauch, A., Freyre-González, J.A.* Abasy Atlas: a comprehensive inventory of systems, global network properties and systems-level elements across bacteria. Database 2016:baw089 (2016) doi:10.1093/database/baw089 arXiv:1605.04959
¡Primer lanzamiento público de Abasy Atlas!
La primer versión de nuestro amplio atlas de sistemas, propiedades globales de redes, y elementos a nivel de sistemas moldeando redes regulatorias de diversas bacterias es liberado en línea hoy.
Abasy (Across-bacteria systems) Atlas contiene sistemas y elementos a nivel de sistemas, así como propiedades globales de 50 redes regulatorias reconstruidas y metacuradas (78,649 interacciones regulatorias) abarcando 42 bacterias (64% Gram positivas y 36% Gram negativas) distribuidas en 9 especies, conteniendo 3,708 regulones y 1,776 sistemas (módulos).