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Freyre Lab

Nuestro laboratorio tiene como objetivo desarrollar técnicas y métodos novedosos para contribuir a develar los principios a nivel de sistemas gobernando la organización y evolución de la circuitería biológica a escala global. Los estudios en nuestro laboratorio van de la reconstrucción y análisis de redes biológicas complejas a análisis comparativos de subsistemas en diferentes organismos, y de métodos para identificar de forma natural módulos funcionales en circuitos génicos a la predicción masiva y a gran escala de interacciones moleculares a partir de datos experimentales de alto rendimiento.

El objetivo a largo plazo es develar los principios evolutivos y de sistemas que gobiernan las redes biológicas complejas y usar este conocimiento para desarrollar nuevas estrategias en biología sintética. Para lograr nuestros objetivos, integramos datos masivos y distintas bases de datos combinando conocimiento de biología molecular, teoría de grafos, ciencias de la computación, estadística, matemáticas e inteligencia artificial.

En el ámbito de la docencia, nuestro grupo es responsable de los planes de estudios e impartición de cursos en ciencias de la computación (“Principios de Programación” y “Computo Científico”). Esto además incluye cursos en biología de sistemas, y un taller en esta área contando con un enfoque de docencia/investigación en la frontera de las ciencias biológicas. Todos estos cursos son impartidos para el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas. Además, impartimos cursos a nivel de posgrado en las mismas áreas para el Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas.

Publicaciones Destacadas

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  • Freyre-González, J.A.* and Tauch, A.

  • Functional architecture and global properties of the Corynebacterium glutamicum regulatory network: novel insights from a dataset with a high genomic coverage

  • Journal of Biotechnology
    257:199-210

  • 2017

  • Ibarra-Arellano, M.A., Campos-González, A.I., Treviño-Quintanilla, L.G., Tauch, A., Freyre-González, J.A.*

  • Abasy Atlas: A comprehensive inventory of systems, global network properties, and systems-level elements across bacteria

  • Database (Oxford)
    2016:baw089

  • 2016

  • Freyre-González, J.A.*, Treviño-Quintanilla, L.G., Valtierra-Gutiérrez, I., Gutierrez-Ríos, R.M., and Alonso-Pavón, J.A.

  • Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach

  • Journal of Biotechnology
    161(3):278-286

  • 2012

  • Freyre-Gonzalez, J.A.* and Trevino-Quintanilla, L.G.

  • Analyzing regulatory networks in bacteria

  • Nature Education
    3(9):24

  • 2010

  • Freyre-González, J.A.*, Alonso-Pavón, J.A., Treviño-Quintanilla, L.G., and Collado-Vides, J.

  • Functional architecture of Escherichia coli: new insights provided by a natural decomposition approach

  • Genome Biology
    9(10):R154

  • 2008