Noticias

May 09, 2018

Defensa exitosa de la tesis de Marco Tello, ¡felicidades!

Marco tello defendió su tesis titulada "Construcción de la red regulatoria transcripcional del hongo filamentoso Neurospora crassa y análisis con enfoque en genes circadianos", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Licenciado en Ciencias Genómicas con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Marco!

May 02, 2018

Abasy Atlas está de vuelta en línea

Debido a un fallo catastrófico del disco duro del servidor hospedando Abasy Atlas el domingo 29 a las 6:09 am, nuestra base de datos esta caída. Estamos trabajando arduamente en ponerla en línea a la brevedad. Lamentamos los inconvenientes.

Hemos mudado Abasy a un nuevo servidor y está de vuelta en línea.

Apr 18, 2018

Posiciones disponibles en nuestro lab

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de biología, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio y desarrollar su tesis en biología de sistemas y de redes. La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo y es una de las fuentes principales de datos para nuestra investigación. A partir de agosto estarán disponibles dos posiciones. Estas posiciones están relacionadas a proyectos financiados sobre la inferencia masiva a gran escala de redes regulación para estudiar su organización y evolución. Los estudiantes tendrán acceso a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM dado que nuestro laboratorio es responsable de los planes de estudio y la impartición de esta área. Se brindará además apoyo si el candidato está interesado en aplicar a nuestro Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, UNAM que se encuentra dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad de Conacyt. Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

Ene 22, 2018

Seminario en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, UNAM

El Dr. Freyre compartió los avances de su investigación en un excelente y altamente entusiasta seminario con apreciados colegas y ex-alumnos ahora miembros del Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano en el campus Juriquilla de la UNAM en Querétaro. ¡Muchas gracias al Dr. Rafael Palacios y al Dr. Guillermo Dávila por la invitación! ¡Fue una experiencia muy enriquecedora!

Ene 09, 2018

Defensa exitosa de la tesis de Juan Escorcia, ¡felicidades!

Juan Escorcia defendió su tesis titulada "Efecto de la incompletez y el nivel de abstracción de los modelos, sobre la calidad de las redes regulatorias bacterianas y las predicciones de sus componentes a nivel de sistemas", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Biotecnología con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Juan!

Sep 19, 2017

Abasy Atlas ha sido indexado por OMICtools

OMICtools es una meta-base de datos bsada en la comunidad y manualmente curada. Sus autores definen OMICtools como "una meta-base de datos manualmente curada que brinda un resumen de mas de 4,400 herramientas accesibles vía la web relacionadas con genómica, transcriptómica, proteómica, y metabolómica". Ahora, Abasy Atlas esta indexado por esta meta-base de datos en https://omictools.com/across-bacteria-systems-atlas-tool. Más infomación se puede encontrar en el sitio web de OMICtools y en su artículo.

Sep 12, 2017

Ponencia BIRS-CMO - Towards a large-scale comparative systems biology across bacteria

Ponencia impartida por el Dr. Freyre como parte del BIRS-CMO Workshop 17w5143 - Principles of Gene Circuit Design en Casa Matemática Oaxaca.

Video: https://youtu.be/1eYsgSgXazs (en inglés)

Sep 10, 2017

Artículo sobre la arquitectura funcional y propiedades globales de la red regulatoria de Corynebacterium glutamiucum

Journal of Biotechnology publica en la edición especial Dedicated to Prof. Dr. Alfred Pühler on the occasion of his 75th birthday [Dedicada al Prof. Dr. Alfred Pühler en ocasión de su cumpleaños 75] nuestro estudio sobre la arquitectura funcional y propiedades globales de la red regulatoria de Corynebacterium glutamiucum realizado en colaboración con Andreas Tauch de la Universidad de Bielefeld, Alemania:

Freyre-González, J.A.* and Tauch, A. Functional architecture and global properties of the Corynebacterium glutamicum regulatory network: novel insights from a dataset with a high genomic coverage. Journal of Biotechnology 257C:199-210 (2017) doi:10.1016/j.jbiotec.2016.10.025 arXiv:1610.08552

May 05, 2016

Artículo de Abasy Atlas v1.0, ¡publicado!

Database (Oxford) ha publicado el articulo describiendo el uso y construcción de Abasy Atlas v1.0:

Ibarra-Arellano, M.A., Campos-González, A.I., Treviño-Quintanilla, L.G., Tauch, A., Freyre-González, J.A.* Abasy Atlas: a comprehensive inventory of systems, global network properties and systems-level elements across bacteria. Database 2016:baw089 (2016) doi:10.1093/database/baw089

Mar 30, 2016

¡Primer lanzamiento publico de Abasy Atlas!

La primer versión de nuestro amplio atlas de sistemas, propiedades globales de redes, y elementos a nivel de sistemas moldeando redes regulatorias de diversas bacterias es liberado en línea hoy.

Abasy (Across-bacteria systems) Atlas contiene sistemas y elementos a nivel de sistemas, así como propiedades globales de 50 redes regulatorias reconstruidas y metacuradas (78,649 interacciones regulatorias) abarcando 42 bacterias (64% Gram positivas y 36% Gram negativas) distribuidas en 9 especies, conteniendo 3,708 regulones and 1,776 sistemas (módulos).

 URL: http://abasy.ccg.unam.mx