Noticias

Oct 11, 2018

Posiciones disponibles en nuestro lab

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de biología, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio y desarrollar su tesis de doctorado o licencitura en biología de sistemas y de redes. La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo y es una de las fuentes principales de datos para nuestra investigación. A partir de enero 2019 estarán disponibles dos posiciones. Estas posiciones están relacionadas a proyectos financiados sobre la inferencia masiva a gran escala de redes regulación para estudiar su organización y evolución. Los estudiantes tendrán acceso a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM dado que nuestro laboratorio es responsable de los planes de estudio y la impartición de esta área. Se brindará además apoyo si el candidato está interesado en aplicar a nuestro Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, UNAM que se encuentra dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad de Conacyt. Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

Sep 28, 2018

¡Nuestro grupo se mudó a un edificio nuevo!

De septiembre 24 al 27, nuestro grupo mudo oficinas, servidores, y equipo al nuevo edificio albergando el Programa de Biología de Sistemas y Biología Sintética en el Centro de Ciencias Genomicas, UNAM.

Ago 29, 2018

¡Reconocimiento por 15 años de labor docente en la Licenciatura en Ciencias Genómicas!

El Dr. Freyre fue reconocido por 15 años de destacada labor docente en la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG), UNAM campus Morelos. El Dr. Freyre abrazó la LCG como un proyecto de vida desde su concepción: iniciando por su participación en la planeación de la LCG diseñando planes de estudio, pasando por la impartición de clases, hasta la dirección de tesis muchas de las cuales han derivado en artículos de investigación publicados.

Ago 24, 2018

Seminario en la Facultad de Química, UNAM

El Dr. Freyre impartió la conferencia "Hacia una biología de sistemas comparativa a gran escala en bacterias: Abasy Atlas y la predicción masiva de redes regulatorias" a colegas y estudiantes de la Faculta de Química, UNAM. ¡Gracias a la Dr. Herminia Loza-Tavera por la invitación a dar esta charla!

Ago 20, 2018

¡Lanzamiento público de Abasy Atlas v2.0!

La segunda versión de nuestro amplio atlas de redes regulatorias metacuradas, sistemas, propiedades globales de redes, y elementos a nivel de sistemas moldeando redes regulatorias de diversas bacterias es liberado en línea hoy con un importante incremento en su contenido con respecto a la versión 1.0 previa:

Abasy (Across-bacteria systems) Atlas v2.0 contiene sistemas y elementos a nivel de sistemas, así como propiedades globales de 71 (42% más) redes regulatorias reconstruidas y metacuradas (178,942 interacciones regulatorias [128% más]) abarcando 42 bacterias (64% Gram positivas and 36% Gram negativas) distribuidas en 9 especies, conteniendo 7,558 (104% más) regulones y 3,886 sistemas (módulos [119% más]).

URL: http://abasy.ccg.unam.mx

Ago 20, 2018

¡Carlos Cruz es candidato a Doctor!

Tras presentar los resultados principales de su proyecto de investigación titulado "Recableado evolutivo y paisaje organizacional de redes de regulación procariotas: Hacia una biología de sistemas comparativa" en un examen oral que duro tres horas y media, Carlos obtuvo su grado de candidato a Doctor. ¡Felicitaciones Carlos!

Ago 13, 2018

Arranque del curso intensivo "Principios de Programación" impartido en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, UNAM

Del 13 al 17 de agosto, el Dr. Freyre impartió la primera de dos partes del durso "Principios de Programación" a los estudiantes de la primera generación del recientemente creado Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas ENES Juriquilla, UNAM. Este esfuerzo condensa en dos semanas el curso semestral equivalente que ha sido impartido exitosamente desde 2003 como parte fundamental de la currícula del programa de licenciatura homólogo con sede en el Centro de Ciencias Genómicas, UNAM campus Morelos.

May 09, 2018

Defensa exitosa de la tesis de Marco Tello, ¡felicidades!

Marco tello defendió su tesis titulada "Construcción de la red regulatoria transcripcional del hongo filamentoso Neurospora crassa y análisis con enfoque en genes circadianos", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Licenciado en Ciencias Genómicas con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Marco!

May 02, 2018

Abasy Atlas está de vuelta en línea

Debido a un fallo catastrófico del disco duro del servidor hospedando Abasy Atlas el domingo 29 a las 6:09 am, nuestra base de datos esta caída. Estamos trabajando arduamente en ponerla en línea a la brevedad. Lamentamos los inconvenientes.

Hemos mudado Abasy a un nuevo servidor y está de vuelta en línea.

Ene 22, 2018

Seminario en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, UNAM

El Dr. Freyre compartió los avances de su investigación en un excelente y altamente entusiasta seminario con apreciados colegas y ex-alumnos ahora miembros del Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano en el campus Juriquilla de la UNAM en Querétaro. ¡Muchas gracias al Dr. Rafael Palacios y al Dr. Guillermo Dávila por la invitación! ¡Fue una experiencia muy enriquecedora!

Ene 09, 2018

Defensa exitosa de la tesis de Juan Escorcia, ¡felicidades!

Juan Escorcia defendió su tesis titulada "Efecto de la incompletez y el nivel de abstracción de los modelos, sobre la calidad de las redes regulatorias bacterianas y las predicciones de sus componentes a nivel de sistemas", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Biotecnología con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Juan!

Sep 19, 2017

Abasy Atlas ha sido indexado por OMICtools

OMICtools es una meta-base de datos bsada en la comunidad y manualmente curada. Sus autores definen OMICtools como "una meta-base de datos manualmente curada que brinda un resumen de mas de 4,400 herramientas accesibles vía la web relacionadas con genómica, transcriptómica, proteómica, y metabolómica". Ahora, Abasy Atlas esta indexado por esta meta-base de datos en https://omictools.com/across-bacteria-systems-atlas-tool. Más infomación se puede encontrar en el sitio web de OMICtools y en su artículo.

Sep 12, 2017

Ponencia BIRS-CMO - Towards a large-scale comparative systems biology across bacteria

Ponencia impartida por el Dr. Freyre como parte del BIRS-CMO Workshop 17w5143 - Principles of Gene Circuit Design en Casa Matemática Oaxaca. ¡Gracias al Dr. Pablo Meyer del IBM Thomas J. Watson Research Center por la invitación a esta reunión!

Video: https://youtu.be/1eYsgSgXazs (en inglés)

Sep 10, 2017

Artículo sobre la arquitectura funcional y propiedades globales de la red regulatoria de Corynebacterium glutamiucum

Journal of Biotechnology publica en la edición especial Dedicated to Prof. Dr. Alfred Pühler on the occasion of his 75th birthday [Dedicada al Prof. Dr. Alfred Pühler en ocasión de su cumpleaños 75] nuestro estudio sobre la arquitectura funcional y propiedades globales de la red regulatoria de Corynebacterium glutamiucum realizado en colaboración con Andreas Tauch de la Universidad de Bielefeld, Alemania:

Freyre-González, J.A.* and Tauch, A. Functional architecture and global properties of the Corynebacterium glutamicum regulatory network: novel insights from a dataset with a high genomic coverage. Journal of Biotechnology 257C:199-210 (2017) doi:10.1016/j.jbiotec.2016.10.025 arXiv:1610.08552

May 05, 2016

Artículo de Abasy Atlas v1.0, ¡publicado!

Database (Oxford) ha publicado el articulo describiendo el uso y construcción de Abasy Atlas v1.0:

Ibarra-Arellano, M.A., Campos-González, A.I., Treviño-Quintanilla, L.G., Tauch, A., Freyre-González, J.A.* Abasy Atlas: a comprehensive inventory of systems, global network properties and systems-level elements across bacteria. Database 2016:baw089 (2016) doi:10.1093/database/baw089

Mar 30, 2016

¡Primer lanzamiento público de Abasy Atlas!

La primer versión de nuestro amplio atlas de sistemas, propiedades globales de redes, y elementos a nivel de sistemas moldeando redes regulatorias de diversas bacterias es liberado en línea hoy.

Abasy (Across-bacteria systems) Atlas contiene sistemas y elementos a nivel de sistemas, así como propiedades globales de 50 redes regulatorias reconstruidas y metacuradas (78,649 interacciones regulatorias) abarcando 42 bacterias (64% Gram positivas y 36% Gram negativas) distribuidas en 9 especies, conteniendo 3,708 regulones y 1,776 sistemas (módulos).

URL: http://abasy.ccg.unam.mx