Nuestro laboratorio tiene como objetivo desarrollar técnicas y métodos novedosos para estudiar y develar los principios a nivel de sistemas gobernando la organización, función y evolución de la circuitería biológica a escala global. Los estudios en nuestro laboratorio van de la reconstrucción y análisis de redes biológicas complejas a análisis comparativos de subsistemas en diferentes organismos, y de métodos para identificar de forma natural módulos funcionales en circuitos génicos a la predicción masiva y a gran escala de interacciones moleculares a partir de datos experimentales de alto rendimiento.
El objetivo a largo plazo es develar los principios evolutivos y de sistemas que gobiernan las redes biológicas complejas y usar este conocimiento para desarrollar nuevas estrategias en biología sintética. Para lograr esto, integramos datos masivos y distintas bases de datos combinando conocimiento de biología molecular, teoría de sistemas complejos, teoría de grafos, ciencias de la computación, estadística, matemáticas, inteligencia artificial, y aprendizaje computacional.
En el ámbito de la docencia, desde 2003 nuestro grupo es responsable de los planes de estudios e impartición de cursos en ciencias de la computación (“Principios de Programación” y “Computo Científico”). Además, impartimos cursos en biología de sistemas, y un taller en esta área contando con un enfoque de docencia/investigación en la frontera de las ciencias biológicas modernas. Todos estos cursos son impartidos para el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas campus Morelos. Adicionalmente, a partir de la reciente creación de la Licenciatura en Ciencias Genómicas ENES Juriquilla en 2018, hemos sido invitados a participar impartiendo los exitosos cursos “Principios de Programación” y “Computo Científico”. Además de participar a nivel licenciatura, impartimos cursos a nivel de posgrado en las mismas áreas para el Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y el Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos en la Universidad Nacional Autónoma de México.
Publicaciones Destacadas
Ver Todas-
Freyre-Gonzalez, J.A.*, Escorcia-Rodríguez, J.M., Gutiérrez-Mondragón, L.F., Martí-Vértiz, J. Torres-Franco C.N., Zorro-Aranda, A.
-
System Principles Governing the Organization, Architecture, Dynamics, and Evolution of Gene Regulatory Networks
-
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology
10:888732 -
2022
-
Escorcia-Rodríguez, J.M., Tauch, A., and Freyre-González, J.A.*
-
Corynebacterium glutamicum Regulation beyond Transcription: Organizing Principles and Reconstruction of an Extended Regulatory Network Incorporating Regulations Mediated by Small RNA and Protein–Protein Interactions
-
Microorganisms
9(7):1395 -
2021
-
Escorcia-Rodríguez, J.M., Tauch, A., and Freyre-González, J.A.*
-
Abasy Atlas v2.2: The most comprehensive and up-to-date inventory of meta-curated, historical, bacterial regulatory networks, their completeness and system-level characterization
-
Computational and Structural Biotechnology Journal
18:1228-1237 -
2020
-
Freyre-González, J.A.*, Treviño-Quintanilla, L.G., Valtierra-Gutiérrez, I., Gutierrez-Ríos, R.M., and Alonso-Pavón, J.A.
-
Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach
-
Journal of Biotechnology
161(3):278-286 -
2012
